Palhoça pertencia a Florianópolis até 1833, quando então passou a pertencer a São José, quando este foi criado. No ano de 1873, Palhoça foi elevada a condição de Distrito Policial. Em 1882 a Assembleia Legislativa votou a Lei 949 de 08 de novembro, elevando-a a categoria de freguesia. Em 1886 passa de Distrito Policial a Distrito de Paz.
Em 24 de abril de 1894, foi elevada a categoria de Município, por desmembramento de São José, sendo instalado em 23 de maio do mesmo ano. Quando se emancipou de São José, o território de Palhoça era de 3.180 quilômetros quadrados. Em 10 de janeiro de 1906, Palhoça transforma-se em Comarca. Faziam parte os distritos de Palhoça (sede do município e da comarca), Santo Amaro do Cubatão, Enseada de Brito, Teresópolis, São Bonifácio do Capivari, Santa Isabel, Anitápolis, Santa Tereza e Garopaba, que de município transformou em distrito de Palhoça.
Em 22 de agosto de 1919, foi elevada a categoria de cidade. Em 1958, Santo Amaro da Imperatriz emancipou-se de Palhoça e deu origem aos municípios de Águas Mornas e Anitápolis. Em 1961, Garopaba e Paulo Lopes emanciparam-se de Palhoça e, São Bonifácio em 1962. Após essas emancipações, Palhoça ficou com a configuração atual.
